傳統的農家肥就是由糞便和秸稈漚（ōu）肥發酵而成。但是由（yóu）於發酵周期較長，常常需要幾個月的時間去堆積，且（qiě）肥料較化肥來說速度緩慢。所以（yǐ）造成了化肥施用過（guò）量，導致土壤板結和鹽漬化。但有機肥料（也就是完全腐熟的農家肥）卻可（kě）以很好的改善土壤結構，增（zēng）加土壤有機質，所以有（yǒu）機肥的（de）肥效利用以及發酵生產周期一直是個問題。
現在隨著科技的發展，一些可以促進發酵進程的菌種被研發出來，還能達到除臭（chòu）的效果。一些賣發酵菌種的廠家，都（dōu）會（huì）告訴我們，他的菌種（zhǒng）腐熟迅速，然而實（shí）際上都有些過於誇張。有機肥（féi）設（shè）備生產廠家告訴我們，發酵主要分為兩個階段：
1.高溫階（jiē）段：
添加菌種，除臭、打破菌細胞（bāo），殺滅糞便以及秸稈中的病原菌、蟲（chóng）卵以（yǐ）及雜草種子（zǐ）等等；增加發酵的（de）起始溫度，在48小時內即可升溫至55℃以上；臭味逐漸（jiàn）消失，病蟲草害種子等紛（fēn）紛死（sǐ）去，幾天後產生白（bái）色菌絲並布滿表麵。
需注意的是：
整個發酵屬於好氧發（fā）酵，然而堆肥發酵主要是以堆肥升溫為主，所以堆體（tǐ）內的氧氣會逐漸減（jiǎn）少（shǎo），同時溫（wēn）度過高會導致發酵時產生的有益（yì）菌失活，從而導致發酵緩慢甚至停止發酵。
2.中低溫（wēn）階段：
經過前期的腐熟，下一部就是分解：主要是將（jiāng）糞便以及秸稈中的（de）高分子有機質，分解為小分子物質。這樣（yàng）才有利於土壤的吸收和利用，更有利縮短施肥（féi）的肥效釋放時間。此階段需（xū）要7~10天左右（yòu）的時間，發酵溫（wēn）度基本在30~45℃，所以又成為中低溫階段。
需注意的是：
此階段不（bú）可（kě）省略，因為後期將小分子分解出來，才會不再臭味複發（fā）；同時，有機肥施肥（féi）效果緩慢，高分子的有機質會增（zēng）加土壤的分解能力，無法及時的緩解土壤板（bǎn）結、鹽漬化等問題嚴重的地區。
每年我國生產大量的畜禽（qín）糞便（biàn），但是因（yīn）為環保意識不到位，38億噸左右的糞便，有一半以上的糞便汙水以（yǐ）及生活汙水，直接排到了田間、河（hé）水中，不僅汙（wū）染當地氣候環境，還影響人們的日常生活。再加上每年的秸稈產生量能達到9億多（duō）噸，而利用率也（yě）不到五成左右，每（měi）年秸稈（gǎn）焚燒屢（lǚ）禁不止，對環境（jìng）也是一種汙染。
這些糞便和秸稈（gǎn）資源，對於環境（jìng）是一種汙染，對（duì）於農業生產卻是寶貴的有機肥肥料來源。近兩年來，政府也相繼出（chū）台了（le）各種有關於養殖廠禽畜糞便無害化處理（lǐ）的規（guī）範標準，對於（yú）符合標準的有機肥生產設備可申請補貼（tiē）。
